2018年4月17日，南京中医药大学和泰州市人民政府签署了合作共建南京中医药大学泰州校区的协议。2020年10月9日，泰州校区首届新生入学报到，标志着南京中医药大学“一校三区”办学格局的正式形成。

       根据校府合作办学协议，南京中医药大学泰州校区位于泰州医药高新区核心区域，匡时路（原名学院路）以南、泰州大道以西、南官河以东区域内，按1196亩左右规划（含教学、科研、生活、教职工住宅等用地），包括原翰林学院482亩、新增校区建设用地454亩、预留研发用地260亩。

       泰州校区的开辟，是南京中医药大学拓展战略发展空间、推动“双一流”和高水平大学建设、服务地方经济社会发展的重大决策，是学校发展史上的一件大事。作为南京中医药大学的重要组成部分和办学分支机构，泰州校区与校本部同质化管理、一体化发展，南京中医药大学承担泰州校区办学的主体责任。

       根据学校“十四五”发展规划和泰州市大力发展大健康产业的实际需求，南京中医药大学优先安排了中医学（全科医学）、中医学（农村订单定向）、生物制药、制药工程、食品质量与安全等省一流专业在泰办学。随着校区的建设发展，校区知名度和美誉度逐年上升，招生录取分数线大幅提升。2023年，泰州校区普通批次物理类、历史类专业组录取分数线，分别超出省特殊类型控制线（本一线）51分、30分，目前校区已有四届学生共2581人。